Nació el 26 de octubre de 1955 en Torres, Jaén. Ingresó en la carrera judicial en 1981. Tuvo como primer destino el pueblo Valverde del Camino, en la provincia de Huelva. Trasladado al Juzgado de Primera Instancia e Instrucción de Villacarrillo, Jaén. En el año 1983 ascendió a magistrado siendo destinado al Juzgado de Primera Instancia e Instrucción número 3 de Almería. El 11 de marzo de 1987 fue nombrado por el Consejo General del Poder Judicial inspector delegado para Andalucía. El 29 de enero de 1988, fue magistrado-juez central de Instrucción número 5 de la Audiencia Nacional. Ha instruido más de una veintena de causas contra la organización terrorista ETA. También instruyó el atentado contra los parlamentarios de HB Josu Muguruza, que resultó muerto, e Iñaki Esnaola, que quedó malherido, a manos del llamando terrorismo negro. Ha realizado investigaciones sobre terrorismo y tráfico internacional de armas, como el caso del sirio Al Kassar. A él le tocó por turno el "caso Amedo" referido a la participación de las Fuerzas de Seguridad del Estado en la guerra sucia contra ETA. El 12 de mayo de 1992 interrogó en París a los dirigentes de ETA Francisco Múgica Garmendía, alias Pakito, y Joseba Aguirre Erostarbe, Fitipaldi, detenidos el 29 de marzo anterior en Bidart (País Vasco francés), en lo que ha sido el golpe policial más importante contra ETA. En temas de narcotráfico ha dirigido la "operación Nécora" y la "operación Pitón". Inició la operación contra agentes de la Unidad Central Antidroga de la Guardia Civil (UCIFA), por la que procesó a miembros de dicha unidad por supuestos delitos de narcotráfico. El 28 de abril de 1993 solicitó oficialmente ante el CGPJ la solicitud de excedencia voluntaria en la carrera judicial para concurrir como candidato socialista a las elecciones generales del 6 de junio de 1993. En las elecciones del 6 de junio de 1993 obtuvo escaño de diputado por Madrid, lista en la que figuraba en segunda posición tras Felipe González. En el Consejo de Ministros del día 30 de julio de 1993 fue nombrado delegado del Gobierno para el Plan Nacional sobre drogas con rango de secretario de Estado. El 29 de diciembre de 1993, el Gobierno decidió su paso desde el Ministerio de Asuntos Sociales, al que estaba adscrito, hasta el Ministerio del Interior. Se le dio potestad para representar a España en los organismos internacionales relativos a la prevención de la toxicomanía y la lucha contra el tráfico de drogas. El 6 de mayo de 1994 anuncia su dimisión como delegado del gobierno del Plan Nacional sobre la Droga y tres días después informaba su renuncia al acta de diputado por la "actitud pasiva" del presidente Felipe González respecto a la corrupción, aunque se dijo que su dimisión era por no ser designado ministro del Interior. Pidió su reingreso en la carrera judicial. El 18 de mayo de 1994 retomó oficialmente su cargo de juez titular del juzgado número 5 de la Audiencia Nacional. Continuó el sumario de la "operación nécora" que él mismo había abierto en 1990 y por la que se condenó a 30 de los procesados y prosigue con el sumario del "caso GAL". También ha investigado sobre los siguientes sumarios: varias piezas desgajadas del "caso GAL" ("caso Oñaederra", "caso Mon Bar", "caso García Goena", "caso Rafael Goicoetxea", "caso Mikel Goicoetxea", "caso pagos a Amedo y Domínguez"); "caso grupos x de apoyo a ETA", el "caso de los fondos de la Expo 92", "caso Egin", "papeles de Laos", "caso del grapo Cela Seoane", "caso Cesid", "caso Telecinco" y "caso por los desaparecidos en Argentina y Chile". El general Augusto Pinochet fue arrestado en octubre de 1998 en Londres, cuando se sometía a una intervención quirúrgica, en atención a una orden internacional cursada por él. Esta orden fue revocada por el Tribunal Superior de Inglaterra y Gales el 28 de octubre, al reconocer que "tiene derecho a inmunidad como ex jefe de Estado". Tras esta decisión, la fiscalía presentó recurso ante la Cámara de los Lores, máxima instancia judicial en Inglaterra, que falló el 25 de noviembre por tres votos a dos, en contra de la inmunidad. En paralelo al procedimiento británico, el gobierno español, a instancias judiciales, solicitó el 11 de noviembre la extradición de Pinochet al Ejecutivo del Reino Unido, que respondió afirmativamente el 9 de diciembre, por boca de su ministro de interior, Jack Straw. Al día siguiente el juez Garzón dictó un auto de procesamiento contra el general chileno bajo las acusaciones de genocidio, terrorismo y torturas. La periodista española Pilar Urbano, escribió su biografía, Garzón: el hombre que veía amanecer. El Consejo General del Poder Judicial abrió diligencias informativas al juez por su biografía, para estudiar si Garzón reveló datos sobre sumarios que instruyó o esté instruyendo a la autora.

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