Nació en Popayan en 1768. Hijo de José de Caldas y Vicenta Tenorio. Cursó estudios de Latinidad y Filosofía en el Colegio Seminario de Popayán. En 1788 viaja a Santafé de Bogotá y terminó, en 1793, los estudios de Derecho en el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario. Caldas realizó notables estudios botánicos y trazó el mapa del virreinato del Perú. Fue el primer director del Observatorio Astronómico de Bogotá. Fundó en 1807 el Seminario de Nueva Granada. El 6 de octubre de 1812, fue nombrado miembro de la Comisión Militar con grado de teniente coronel. En 1813 participó en la rebelión armada contra el presidente Nariño. En Antioquia fue nombrado Director de Fábricas e Ingeniero General, y se le confirió el grado de coronel. Fundó el primer curso de estudios de la Academia de Ingenieros en Medellín. En 1815 fue llamado por el entonces presidente Camilo Torres y Tenorio, su primo, para hacerse cargo de la fundación de una Escuela Militar. Recibió el encargo del presidente José Fernández Madrid de prestar sus servicios en el ejército del norte. Ante el incontenible avance español, Caldas huyó al sur, donde fue apresado en la batalla de la Cuchilla del Tambo. Trasladado a Bogotá y juzgado sumariamente por un Consejo de Guerra, fue condenado a muerte el 28 de octubre de 1816, y fusilado junto a Francisco Antonio Ulloa, José Miguel Montalvo, y Miguel Buch, el 29 de octubre de 1816.

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