Nació el 30 de noviembre de 1667 en Dublín. Huérfano de padre, recibe educación gracias a la ayuda de sus tíos. Tras seguir estudios en la Universidad de Dublín (1681-1688), abandona Irlanda para reunirse con su madre establecida en el condado de Leincester. Trabaja como secretario de William Temple, importante hombre de estado de la época, miembro del parlamento y destacado diplomático, que será su protector durante diez añosEn 1694, regresó a Irlanda, donde se ordenó sacerdote. Tras reconciliarse con Temple, del que se separó por incompatibilidad, volvió a su servicio en 1696. Supervisó la educación de la hija de la recién enviudada hermana de Temple, y permaneció con el caballero hasta su muerte, en 1699. Durante ese tiempo, tuvo frecuentes discusiones con su patrón, aunque dispuso de gran cantidad de tiempo para la lectura y la escritura. Entre sus primeros escritos en prosa se encuentra La batalla entre los libros antiguos y modernos (1697), sobre las discusiones literarias del momento, que trataban de valorar si eran mejores las obras de la antigüedad o las modernas. Su Historia de una bañera (1704) es el más divertido y original de sus escritos satíricos.

En 1710, subió al poder en Inglaterra el partido tory, y se pasó rápidamente a sus filas. Comenzó a dirigir entonces sus ataques contra los whigs, a través de una serie de textos cortos, dirigió el Examiner, el órgano informativo de los tories, y publicó una gran cantidad de panfletos, en los que defendía abiertamente la política social del gobierno tory. De entre esos textos, el más elocuente e influyente fue El comportamiento de los aliados (noviembre de 1711). Este panfleto fue la causa de la dimisión de John Churchill, primer duque de Malborough, comandante en jefe de las Fuerzas Armadas británicas.
Inició sus Cartas a Stella en 1710. Stella era el nombre que él utilizaba para dirigirse a Esther Johnson, residente en Dublín. Los especialistas no tienen muy claro cuál era el tipo de relación que existía entre tutor y alumna. Es posible incluso que se hubieran casado en secreto. La otra mujer de la que se tiene noticia en la vida de Swift fue Esther Vanhomrigh, también alumna suya, hija de un comerciante de Dublín de origen holandés.

En 1717, fue deán de la catedral de San Patricio de Dublín. Entre 1724 y 1725 publicó anónimamente Cartas de Drapier, una serie de panfletos en los que defendía la validez de la moneda irlandesa, y que ocasionaron el fin del permiso otorgado por la corona a un comerciante inglés para acuñar monedas en Irlanda. Una modesta proposición (1729), incluye una propuesta especialmente irónica, la de que los niños irlandeses pobres podían ser vendidos como carne para mejorar la dieta de los ricos. Su obra maestra, Viajes a varios lugares remotos del planeta, titulada popularmente Los viajes de Gulliver, fue publicada como anónimo en 1726 y obtuvo un éxito inmediato. Fue concebida como una sátira, fue añadiendo, durante los seis años que tardó en escribirla, reflexiones acerca de la naturaleza humana. Narración imaginativa, ingeniosa y sencilla de leer. Sus últimos años, tras las muerte de Stella, se caracterizaron por asomos de demencia. Sufrió ataques de vértigo y, tras un largo periodo de decadencia mental, falleció el 19 de octubre de 1745. Enterrado en la catedral de la que fue deán, junto al sepulcro de Stella. Su epitafio, escrito por él mismo en latín, reza: "Aquí yace el cuerpo de Jonathan Swift, D., deán de esta catedral, en un lugar en que la ardiente indignación no puede ya lacerar su corazón. Ve, viajero, e intenta imitar a un hombre que fue un irreductible defensor de la libertad".

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