Nació en el seno de una familia humilde de artesanos de Florencia el 1 de marzo de 1445. Botticelli fue el apodo de su hermano mayor, Giovanni, cuya obesidad provocó que se llamara "tonelete" y por extensión a todos los miembros de su familia. Fue discípulo de Fra Filippo Lippi, también trabajó con el pintor y grabador Antonio del Pollaiuolo, del que aprendió el dominio de la línea, y además recibió gran influencia de Andrea del Verrocchio. Hacia 1470 ya tenía su propio taller. Dedicó casi toda su vida a los retratos, entre los que destacan: Retrato de Giuliano de Medici (1475-1476, Galería Nacional de Arte, Washington, D.C.) y La adoración de los Magos (1476- 1477, Galería de los Uffizi, Florencia) contiene personajes con rasgos muy parecidos a los de la familia de los Medici. Estuvo influido por el neoplatonismo cristiano, que pretendía conciliar las ideas cristianas con las clásicas, esto se observa en La primavera (c. 1478) y en El nacimiento de Venus (posteriores a 1482), creadas para una de las villas de la familia Medici. Dentro de este ámbito también destaca la serie de cuatro cuadros Nastapio degli Honesti (Museo del Prado, Madrid), donde recrea una de las historias del Decamerón, de Boccaccio. Además pintó temas religiosos, principalmente tablas de Vírgenes, destacando la Virgen escribiendo el Magnificat (década de 1480), La Virgen de la granada (década de 1480) y La coronación de la Virgen (1490), todas ellas en los Uffizi, y Virgen con el niño y dos santos (1485, Staatliche Museen, Berlín). Entre sus otras obras de tema religioso destacan San Sebastián (1473-1474, Staatliche Museen) y un fresco sobre San Agustín (1480, Ognissanti, Florencia). En 1481 fue llamado a Roma para trabajar en la decoración de la Capilla Sixtina del Vaticano, donde pintó los frescos Las pruebas de Moisés, El castigo de los rebeldes y La tentación de Cristo. En la década de 1490, tras la expulsión de los Medici de Florencia y cuando el monje dominico Girolamo Savonarola predicaba la austeridad y la reforma, sufrió una crisis religiosa, aunque no abandonó la ciudad. Son de destacar obras posteriores, como la Pietá (principios de la década de 1490, Museo Poldi Pezzoli, Milán) y sobre todo la Natividad mística (década de 1490, National Gallery, Londres) y la Crucifixión mística (c. 1496, Fogg Art Museum, Cambridge, Massachusetts). Fue acusado anónimamente, en 1502, ante la Uffiziali di Notte, institución donde los ciudadanos denunciaban crímenes reales o imaginarios, por un acto de sodomía con uno de sus ayudantes. Falleció el 17 de mayo de 1510.

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